L'aventure commence chez le héros lorsqu'arrivent Joey Wheeler et Yûgi Muto. Joey annonce que le tournoi de Battle City (Bataille Ville) va débuter. Une fois sorti de chez lui, le joueur se retrouve sur la place de la ville, Kaiba annonce alors que le tournoi commencera à 9h et présente les règles du jeu (celles du manga). L'aventure débutera alors et le joueur devra réunir 6 cartes de localisations (Locator Cards) en affrontant les personnages de la série.
L'aventure commence chez le héros lorsqu'arrivent Joey Wheeler et Yûgi Muto. Joey annonce que le tournoi de Battle City (Bataille Ville) va débuter. Une fois sorti de chez lui, le joueur se retrouve sur la place de la ville, Kaiba annonce alors que le tournoi commencera à 9h et présente les règles du jeu (celles du manga). L'aventure débutera alors et le joueur devra réunir 6 cartes de localisations (Locator Cards) en affrontant les personnages de la série. Par la suite, le joueur devra revivre l'arc des Ghouls du manga et pourra utiliser deux des trois Cartes Divines : Slifer le Dragon Céleste et Obélisk le Bourreau. Le Dragon Ailé de Râ sera quant à lui injouable par le joueur.