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| - Debutó en un partido con el primer equipo un día jueves 10 de julio del año 2003 contra Club de Deportes Ovalle. Matías en ese partido anotó un gol en el primer tempo con una gran calidad. Este encuentro marcaría la eliminación de Colo Colo en la fase previa a la Copa Sudamericana, al vencer Ovalle por 4-3. Este partido tambien fue el ultimo disputado por el crá ese año. Por el campeonato nacional debutó el día 6 de marzo del 2004, en un partido en el cual Colo-Colo jugaba contra la u. de Conce. Convirtió sus primeros dos goles el 8 de agosto frente a Cobresal, Ese año, Colo Colo fue eliminado por Cobreloa. Matías totalizó nueve goles y fue elegido el "jugador revelación" y el mejor "aporte joven". Y Colo-Colo se clasificó al repechaje de la Copa Libertadores 2005, por ser el mejor puntaje de la fase regular, y sería eliminado por Quilmes. Matías jugó 1.465 minutos en 21 encuentros y fue el máximo artillero del equipo colocolino dirigido por Ricardo Dabrowski. En el Apertura 2005, Colo Colo no brilló, ni Matías, que en 13 partidos jugados, anotó solo 2 goles, uno frente a Deportes La Serena, en la goleada del campeonato, 7-3 en favor del cacique, y otro frente a la Unión Española, Para el Clausura 2005, nuestro Matigol totalizó 7 goles en 18 partidos jugados. Luego, viene el destape total del Mati. El 2006 fue el elegido, cuando Colo Colo tenía como entrenador al gran Claudio Borghi. Matías comenzó anotando el año en una derrota, en el repechaje de la Copa Libertadores 2006, en el duelo de ida contra las Chivas de Guadalajara, que en el de vuelta perderian 5-3 y se quedarian fuera del certamen. Con la gran participación de Fernández, Valdivia y de el pelado Suazo, quedarían primeros en la tabla clasificándose para la Copa Sudamericana 2006. Fernández mostró todo su talento, llegando a la final del campeonato de apertura contra las maracas de azul, donde Matías, en el partido de ida fue fundamental, ya que el cacique ganó 2-1 con dos de sus tantos goles, siendo uno de ellos, en el tiempo de alargue. En el partido de vuelta, el equipo de los ratones ganó 1 - 0, por lo que se vió obligado a la definición a penales. Esa vez, ese mítico 2 de Julio del 2006, Colo Colo ganó 4 - 2 los penales, siendo el primero de ellos ejecutado por el Pelusa decretando la ventaja para el cuadro Albo. Matías siguió mostrando su talento el Clausura del 2006, y a la vez en la Copa Sudamericana de ese mismo año, donde realizó asistencias, goles y excelentes jugadas personales y colectivas. Gracias a eso Colo Colo llegó a la final de la Sudamericana, donde fueron derrotados por el Pachuca de México. Matías recibió halagos de todas partes del continente. Esto se fortificó cuando Colo Colo gana la final del Campeonato de Clausura frente a Audax Italiano, donde Matías jugaría su ultimo partido con la camiseta del eterno campeón, ya que, en el traspaso más caro de Chile, comenzaría una nueva etapa en el Villarreal de España. Fernández totalizo en el torneo local 15 goles, y en la Copa Sudamericana 9 goles. Ese año ganó el premio al "Futbolista sudamericano del año", siendo el primer chileno en obtenerlo jugando en xn club nacional, "el mejor futbolista chileno", y "el mejor de los mejores". - thumb|173px|Matías en su clásica celebración de gol.
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