El Modo Multijugador permite que dos a cuatro jugadores (hasta ocho jugadores en el caso de Pinball) se enfrenten entre sí; este apartado de juego sólo viene en los juegos de Metroid Prime Pinball, Metroid Prime Hunters, Metroid Prime 2: Echoes y Metroid Prime Trilogy. En todos los juegos se controla a Samus a excepción de Metroid Prime Hunters, que tiene otros siete personajes además de Samus (Sylux, Weavel, Noxus, Trace, Spire y Kanden). [[Archivo:Modo_Multijugador_de_Echoes.jpg|thumb|350px|Multijugador en Metroid Prime 2: Echoes]]
El Modo Multijugador permite que dos a cuatro jugadores (hasta ocho jugadores en el caso de Pinball) se enfrenten entre sí; este apartado de juego sólo viene en los juegos de Metroid Prime Pinball, Metroid Prime Hunters, Metroid Prime 2: Echoes y Metroid Prime Trilogy. En todos los juegos se controla a Samus a excepción de Metroid Prime Hunters, que tiene otros siete personajes además de Samus (Sylux, Weavel, Noxus, Trace, Spire y Kanden). [[Archivo:Modo_Multijugador_de_Echoes.jpg|thumb|350px|Multijugador en Metroid Prime 2: Echoes]] Metroid Prime: Federation Force cuenta con varios modos multijugador cooperativos y un modo competitivo por equipos.