Van oorsprong was Aalders lidmaat van de Gereformeerde Kerk maar later ging hij over naar de Nederlandse Hervormde Kerk. Binnen laatstgenoemde kerkgenootschap behoorde hij aanvankelijk tot de zogenoemde, half-orthodoxe irenische richting maar later schoof hij op naar een geheel orthodoxe richting, op het niveau van de Confessionele Vereniging en van de Gereformeerde Bond. Zo was hij lid van de orthodoxe stichting Vrienden van dr. H.F. Kohlbrugge, genoemd naar de negentiende-eeuwse Nederlandse predikant Hermann Friedrich Kohlbrugge. In het blad van deze stichting (Kerkblaadje, later omgedoopt in Ecclesia) schreef hij jarenlang vele artikelen. Hij werd vooral bekend om zijn bestrijding van de tijdgeest en zijn waarschuwingen tegen politieke prediking die hij beide als niet orthodox genoeg of
Van oorsprong was Aalders lidmaat van de Gereformeerde Kerk maar later ging hij over naar de Nederlandse Hervormde Kerk. Binnen laatstgenoemde kerkgenootschap behoorde hij aanvankelijk tot de zogenoemde, half-orthodoxe irenische richting maar later schoof hij op naar een geheel orthodoxe richting, op het niveau van de Confessionele Vereniging en van de Gereformeerde Bond. Zo was hij lid van de orthodoxe stichting Vrienden van dr. H.F. Kohlbrugge, genoemd naar de negentiende-eeuwse Nederlandse predikant Hermann Friedrich Kohlbrugge. In het blad van deze stichting (Kerkblaadje, later omgedoopt in Ecclesia) schreef hij jarenlang vele artikelen. Hij werd vooral bekend om zijn bestrijding van de tijdgeest en zijn waarschuwingen tegen politieke prediking die hij beide als niet orthodox genoeg of zelfs als vrijzinnig bestempelde. In 1941 promoveerde hij op een proefschrift (Pascal als apologetisch prediker) over de zeventiende-eeuwse Franse theoloog en wijsgeer Blaise Pascal door wie hij diepgaand was beïnvloed. Na de oorlog kwam hij aanvankelijk onder de bekoring van de theologie van Karl Barth, maar in de jaren zestig van de twintigste eeuw raakte hij verontrust over de politisering van het Evangelie en was hij sedert die tijd een vurig bestrijder van de theologie van de Zwitserse theoloog Karl Barth. Aalders was van een viertal kerkelijke gemeenten predikant (Oosterzee, Koudum, Groningen en Den Haag) alvorens hij in 1967 de overstap naar een wetenschappelijke theologische betrekking aanvaardde. Vanwege zijn felle stellingname tegen de zogeheten Barthiaanse theologie kon hij echter geen hoogleraar worden maar moest hij genoegen nemen met het lectorschap in de protestantse theologie aan de katholieke Universiteit van Nijmegen dat hij van 1967 tot 1975 bekleedde. Hij was in die tijd de enige persoon van de theologische faculteit die zich tegen een steunbetuiging aan de hoogleraar Edward Schillebeeckx van diezelfde faculteit keerde toen deze vanwege diens moderne theologie door het Vaticaan tot de orde werd geroepen. Vooral het door Schillebeeckx als niet historisch beschouwen van de inhoud van de Bijbel was iets dat Aalders ontstemde. Aalders had ook veel moeite met het Samen op Weg-proces (SOW) dat uiteindelijk tot de Protestantse Kerk in Nederland (PKN) leidde.