Během následujících Klonových válek se stal jedním z jediských generálů Velké armády republiky. Na konci Klonových válek Agen převzal místo v Radě jediů po zemřelém Jedii Eeth Kothovi, který byl též zabrak.
Během následujících Klonových válek se stal jedním z jediských generálů Velké armády republiky. Na konci Klonových válek Agen převzal místo v Radě jediů po zemřelém Jedii Eeth Kothovi, který byl též zabrak. thumb|left|260px|Agenova smrt Když se Klonové války chýlili ke konci, mistr Kolar pobýval ve Chrámu Jediů na Coruscantu. Po smrti Generála Grievouse na Utapau, byl Agen vybrán jako doprovod Macem Windua pro zatčení kancléře Palpatina, odhaleného Dartha Sidiouse. Zatýkání se neobešlo bez boje, během kterého Agen padl ze čtyř Jediů jako první a jeho smrt znamenala začátek velkého masakru Jediů, který byl později zahájen Rozkazem 66.