Metroid que tiene la capacidad de separarse por fisión. El Metroid Fisión es un mutante que puede dividirse en dos. Esta división crea dos nuevas criaturas con invulnerabilidad a la mayoría de las armas. Este efecto es inestable, lo que puede provocar la debilidad a un tipo de arma. Esta debilidad parece ser aleatoria debido a la naturaleza caótica de la mutación por Phazon.