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| - En torno a unos 2000 años antes de los eventos principales narrados en la serie,era instructor principal de la "Escuela Genji". Fue durante esos años donde conoció a su ex-teniente y se enfrentó a su Bankai. Durante la batalla, Sasakibe le proporcionó una herida en su frente que se convertiría en una cicatriz. Hace aproximadamente unos 2100 años Shigekuni Yamamoto-Genryūsai funda la Academia Shinigami con el objetivo de impartir una sólida formación a todas aquellas almas con el poder suficiente como para poder llegar a convertirse en Shinigamis. El propio Yamamoto fue profesor y, en cierto momento de la historia, llegó a ser el instructor personal de Syunsui Kyōraku y Jūshirō Ukitake, que acabarían por convertirse en los primeros capitanes del Gotei 13 que llegaron a graduarse en la Academia. Aproximadamente hace 1000 años, Yamamoto se convierte en el Comandante General del Gotei 13, cargo que ocupó hasta el momento de su muerte en manos de Yhwach junto con el título de Capitán de la 1ª División. En algún punto de sus 1000 años en el servicio en el Gotei 13, Yamamoto tuvo una confrontación supuestamente con el Líder del Wandenreich, al cual no logró matar. Hace 110 años, y a consecuencia del ascenso de Kirio Hikifune a la Guardia Real, el puesto de líder de la 12ª División quedó temporalmente vacante. Como les explica Yamamoto a los capitanes de aquel entonces en una reunión especial, se tramitó la candidatura del 3º Oficial de la 2ª División, Kisuke Urahara, al contar con la recomendación de Yoruichi Shihōin. Con Yamamoto y otros capitanes de testigo (en el anime son Yachiru Unohana y Ginrei Kuchiki), Urahara supera de forma satisfactoria la prueba de aptitudes y acaba formalizándose su nombramiento como nuevo Capitán de la 12ª División. Diez años después de estos sucesos, Yamamoto vuelve a convocar a los capitanes del Gotei 13 con motivo de las misteriosas desapariciones del Capitán de la 9ª División, Kensei Muguruma, y su Subcapitana, Mashiro Kuna. En sus propias palabras, el Gotei 13 se encuentra en una situación crítica y se requieren medidas drásticas, por lo que tiene en mente enviar hacia el lugar donde se perdió el rastro de Kensei y Mashiro a cinco capitanes. thumb|left|Investidura de Urahara como Capitán de la 12ª División Un exaltado Urahara solicita a Yamamoto ser uno de los enviados, ya que poco tiempo antes su Subcapitana Hiyori Sarugaki había partido hacia el mismo sitio, mas el Comandante General se niega en redondo y selecciona a los Capitanes de las divisiones 3ª, 5ª y 7ª, Rōjūrō Otoribashi, Shinji Hirako y Love Aikawa. Así mismo, ordena a Yoruichi que se disponga a entrar en acción en cualquier momento, mientras que Ginrei, Kyōraku y Ukitake organizan la defensa del Seireitei y Unohana se encarga de disponer de los medios necesarios para llevar a cabo posibles tratamientos médicos de emergencia. Para completar el equipo, Yamamoto convoca a los líderes de la misteriosa División de Kidō, Tessai Tsukabishi y Hachigen Ushōda, pero Kyōraku interrumpe la disertación del anciano Shinigami preguntándole si no sería demasiado arriesgado enviar a la vez a los dos máximos responsables de la División de Kidō, sin saber a qué se están enfrentando. Al preguntarle Yamamoto qué hacer según su opinión, Kyōraku sugiere que Tessai se mantenga a la espera y, en su sustitución ingrese en el equipo de investigación su subcapitana, Risa Yadōmaru, algo a lo que acaba accediendo el Comandante General. Todos los Shinigamis acabarían sufriendo la Hollowficación y, ayudados por Urahara, Tessai y Yoruichi, acabarían refugiándose en el mundo de los vivos, siendo dados por muertos por la Sociedad de Almas.
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