Inbördeskrig är ett krig mellan organiserade grupper inom samma stat. Under 2003 berättade Ordförande Ashwan för Överste Jonathan J. O'Neill att utmana Kalfas kunde leda till inbördeskrig. Ashwan hindrade ett inbördeskrig med fängsla Kalfas. (SG1: "Memento") Under 2005 inledde Wraith en inbördeskrig när de trodde att Atlantis blev förstörd och därmed deras enda hopp att hitta en rik ny utfodring mark var över. (ATL: "The Siege, Part 3")
Inbördeskrig är ett krig mellan organiserade grupper inom samma stat. Under 2003 berättade Ordförande Ashwan för Överste Jonathan J. O'Neill att utmana Kalfas kunde leda till inbördeskrig. Ashwan hindrade ett inbördeskrig med fängsla Kalfas. (SG1: "Memento") Under 2005 inledde Wraith en inbördeskrig när de trodde att Atlantis blev förstörd och därmed deras enda hopp att hitta en rik ny utfodring mark var över. (ATL: "The Siege, Part 3") Med tiden, en ny Hive drottning kallas Death kom till makten över Wraith fraktionerna med henne att förena en stor del av dem i frånvaro av Atlantis och Atlantis Expeditionen. Efter Deaths nederlag och död så slöt de återstående Wraith ett fredsavtal med Tau'ri och gav de halva Pegasus. Det blev slutet för inbördeskriget. (ATL: "Stargate Atlantis: Legacy: Homecoming", "Stargate Atlantis: Legacy: The Lost")