La infanta Isabel nació en Zaragoza como segunda hija de los reyes de Aragón y príncipes de Asturias y Viseu, por lo que fue nombrada infanta de Castilla, Aragón y Portugal. El embarazo de la reina había impedido a la corte continuar después de su coronación en Zaragoza como reina de Aragón, su estado de gravedad había empeorado por el viaje desde Lisboa pasando por diversas plazas castellanas.
La infanta Isabel nació en Zaragoza como segunda hija de los reyes de Aragón y príncipes de Asturias y Viseu, por lo que fue nombrada infanta de Castilla, Aragón y Portugal. El embarazo de la reina había impedido a la corte continuar después de su coronación en Zaragoza como reina de Aragón, su estado de gravedad había empeorado por el viaje desde Lisboa pasando por diversas plazas castellanas. Fue enviada a Portugal con sus abuelos Manuel y María dado que la reina de Portugal estaba en su lecho de muerte y Leonor la Colonizadora no pudo incumplir el último deseo de un difunto. Esto haría que Leonor se sintiese "más Avis que Habsburgo" cómo confesó en la carta a su tío Eduardo. A los cuatro años, el rey Manuel murió y pasó a estar bajo la custodia de su tía Isabel de Avis, virreina de Portugal, que más tarde la nombraría heredera de sus señoríos y pertenencias.