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| - thumb|250px|Naves de la 12ª Flota Expedicionaria Una Expedición o Flota Expedicionaria era la fuerza espacial de exploración estándar del Imperio, así como su unidad militar básica, durante la Gran Cruzada. Partiendo desde Terra, las Flotas Expedicionarias imperiales se extendieron por toda la Galaxia, llevando con ellas la visión del Emperador de unir el espacio conocido bajo el estandarte de la Humanidad. Las Flotas Expedicionarias tenían una serie de importantes responsabilidades. Su misión principal era localizar colonias humanas perdidas y devolverlas al seno del Imperio, usando la diplomacia de ser posible, pero empleando la fuerza de las armas de hacerse necesario, así como acabar con toda especie xenos que representara una amenaza a la Humanidad. Teniendo en cuenta que la mayoría de las especies alienígenas inteligentes encontradas por la Humanidad resultaron ser hostiles, el genocidio directo resultó ser la solución por defecto. Las flotas también tenían entre sus misiones secundarias la exploración espacial de las áreas desconocidas de la Galaxia tras la terrible anarquía de la Era de los Conflictos, abriendo nuevas fronteras para la colonización humana, y para reclamar y extraer todo recurso disponible y descubierto en nombre del Emperador en áreas anteriormente vírgenes de la Galaxia. Aunque el Emperador esperaba que la mayoría de las civilizaciones humanas aceptaran volver a unirse voluntariamente bajo el emblema del Imperio debido a los grandes beneficios que la unidad interestelar ofrecía, también sabía que muchos mundos humanos rechazarían obedecer al Imperio. En dichos casos, la obediencia de las directivas imperiales se llevaba a cabo por el uso de la fuerza militar. Por ello, y por la siempre presente amenaza alienígena, cada Flota Expedicionaria era una poderosa armada militar, generalmente bajo el control de un oficial militar de alta graduación del Ejército Imperial, al que se le daba el rango de Lord Comandante. Además del Lord Comandante, todos los elementos navales de cada Expedición estaban bajo la responsabilidad y el control de otro oficial del Ejército Imperial, que recibía el título de Señor de la Flota. Además, a cada uno de los Primarcas del Emperador se les concedió el mando de Flotas Expedicionarias especialmente grandes, a las cuales se asignaba el cuerpo principal de su Legión de Marines Espaciales, así como cantidades importantes de naves y tropas procedentes de la Flota y el Ejército Imperial. Dichas Flotas Expedicionarias, bastante raras dentro del conjunto principal de la Gran Cruzada ya que las flotas adscritas no tenían ninguna clase de contingente de Astartes asignado a ellas, solían llevar a cabo la mayoría de los avances importantes en áreas completamente nuevas y desconocidas de la Galaxia. Las flotas más pequeñas, con menor capacidad bélica, solían seguir la estela de las flotas mayores, separándose de éstas para asegurar la obediencia al Imperio en los mundos en los que la resistencia humana o xenos era menor, dejando las misiones más peligrosas a las flotas con destacamentos Astartes a bordo. No obstante, muchos de los Primarcas solían de vez en cuando enviar pequeños destacamentos escindidos de sus Legiones para apoyar a las Flotas Expedicionarias que carecían por completo de contingentes de Marines Espaciales. En tales situaciones el oficial al mando del grupo de Marines Espaciales actuaba como el Comandante General de la flota, ya que los Astartes siempre primaban sobre el resto de las tropas normales para tomar el mando de los destacamentos en cualquier situación en la que se encontraran durante la Gran Cruzada.
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