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| - En 1546, il se convertit au protestantisme. Protégé successivement par la famille de Pons, par Michelle de Saubonne, puis Antoinette d'Aubeterre, dames de Soubise, il se lie avec le prêcheur Philibert Hamelin. En 1548, il devient le protégé du connétable Anne de Montmorency qu'il suit à Ecouen. Vers 1555, il séjourne à Fontenay le Comte et se lie avec le sénéchal Michel Tiraqueau, fils du poète. Il était marié et père de six enfants, trois garçons et trois filles.
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| - En 1546, il se convertit au protestantisme. Protégé successivement par la famille de Pons, par Michelle de Saubonne, puis Antoinette d'Aubeterre, dames de Soubise, il se lie avec le prêcheur Philibert Hamelin. En 1548, il devient le protégé du connétable Anne de Montmorency qu'il suit à Ecouen. Vers 1555, il séjourne à Fontenay le Comte et se lie avec le sénéchal Michel Tiraqueau, fils du poète. En 1557, il réside de nouveau à Saintes, où il a pour pasteur Charles de Clermont, dit La Fontaine. Ce dernier, qui succédait à Philibert Hamelin, pasteur formé à Genève, allait devenir le premier pasteur de Marennes. En 1559, l'édit contre les protestants, signé à Écouen par Henri II, auquel Palissy avait offert de nombreuses œuvres, le mène en prison à Saintes. Son incarcération soulève une vague de protestations, alliant Louis de Bourbon, le seigneur Guy de Chabot, baron de Jarnac, Antoine de Pons, le comte de la Rochefoucaud, François III. En 1563, il est transféré à Bordeaux et son atelier est profané. Il est sauvé de la prison par l'action du connétable de Montmorency, son protecteur, qui présente promptement un placet à la reine-mère, et obtient du roi l'ordre de lui rendre la liberté. Sans lui, Palissy ne serait sorti de prison que pour marcher au supplice. La même année, il fait imprimer sa Recepte véritable à la Rochelle. À partir de fin 1566, il travaille à la réalisation d'une grotte rustique à Paris, d'abord pour le connétable, puis pour Catherine de Médicis, aux Tuileries. Deux de ses fils l'aident dans cette œuvre. En 1572, protégé de Catherine de Médicis, il ne survit à la Saint-Barthélemy qu'en se réfugiant à Sedan. De retour à Paris en 1574, il y donne l'année suivante des cours scientifiques et fait placarder des affiches à tous les carrefours pour annoncer leur commencement au carême. Ses conférences portent sur les eaux et les fontaines, les métaux, contre l'alchimie, contre l'or potable recommandé par Roch le Baillif, pour l'antimoine, à propos de l'arc-en-ciel. Il a alors pour disciple Guy Patin. En décembre 1586, il est arrêté comme huguenot, sur ordre de la Ligue ; il est condamné au bannissement en juin 1587. Mais il reste à Paris. Arrêté à nouveau en mai 1588, il est condamné à mort, va en appel et voit sa peine commuée en prison à vie. Emprisonné d'abord à la Conciergerie, il meurt à la Bastille en 1589 (ou 1590 ?), « de faim, de froid et de mauvais traitements ». Il était marié et père de six enfants, trois garçons et trois filles.
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