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| - thumb|right|300px|células biflageladas del alga verde unicelular Chlamydomonas Son flageladas las células que tienen flagelos, apéndices locomotores que baten el líquido circundante con un movimiento generalmente helicoidal. Hay dos clases de flagelos, que sólo tienen en común el papel que cumplen.
* Los flagelos bacterianos, propias de eubacterias. Pueden ser muy numerosos y distribuirse según distintas pautas. Por ejemplo, se llama peritricas a las bacterias cubiertas de flagelos en toda su superficie; y lofotricas a las que presentan flagelos sólo hacia los extremos. Los flagelos bacterianos giran como una hélice.
* Los flagelos eucarióticos, que son semejantes a cilios, pero mucho más largos y con un movimiento helicoidal o de látigo (en un plano). En eucariontes los flagelos son estructuras poco numerosas, uno o dos por célula, con la excepción de los protistas unicelulares del grupo de los hipermastiginos. Se distingue a las células acrocontas, que nadan con su flagelo o flagelos por delante, de las opistocontas, donde el cuerpo celular avanza por delante del flagelo. Esta última condición, evolutivamente más moderna, caracteriza a la rama evolutiva que reúne a los reinos hongos (Fungi) y animales (Animalia). Es la que observamos, sin ir más lejos, en los espermatozoides animales (incluidos, desde luego, los humanos).
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