[[Fișier:Szapolyai János fametszet.jpg|thumb|200px|Ioan I Zápolya]] [[Fișier:King Stefan Batory by Marcin Kober.JPG|200px|thumb|right|Báthory István]] 200px|thumb|right|Mihai Viteazul
*
* Isabella Jagiello Zapolya ; 1540 - 1551 ; soția lui Ioan I Zápolya, regentă
* George Fráter ; 1542 - 1551 ; regent
* Ferdinand I de Habsburg ; 1551 - 1556 ; fiul lui Filip I (Spania)
* Isabella Jagiello Zapolya ; 1556 - 1559 ; a doua oară
* Ioan al II-lea Sigismund Zápolya ; 1570 - 1571
* Ștefan Báthory ; 1571 - 1575
* Cristofor Báthory ; 1575 - 1581 ; fratele lui Ștefan Báthory
* Sigismund Báthory ; 1581 - 1594 ; fiul lui Cristofor Báthory, prima oară
* Boldizsár Báthory ; 1594
* Sigismund Báthory ; 1594 - 1598 ; a doua oară (extinde autoritatea sa asupra Moldove
[[Fișier:Szapolyai János fametszet.jpg|thumb|200px|Ioan I Zápolya]] [[Fișier:King Stefan Batory by Marcin Kober.JPG|200px|thumb|right|Báthory István]] 200px|thumb|right|Mihai Viteazul
*
* Isabella Jagiello Zapolya ; 1540 - 1551 ; soția lui Ioan I Zápolya, regentă
* George Fráter ; 1542 - 1551 ; regent
* Ferdinand I de Habsburg ; 1551 - 1556 ; fiul lui Filip I (Spania)
* Isabella Jagiello Zapolya ; 1556 - 1559 ; a doua oară
* Ioan al II-lea Sigismund Zápolya ; 1570 - 1571
* Ștefan Báthory ; 1571 - 1575
* Cristofor Báthory ; 1575 - 1581 ; fratele lui Ștefan Báthory
* Sigismund Báthory ; 1581 - 1594 ; fiul lui Cristofor Báthory, prima oară
* Boldizsár Báthory ; 1594
* Sigismund Báthory ; 1594 - 1598 ; a doua oară (extinde autoritatea sa asupra Moldovei și Tării Românești, realizând așa-zisul "plan dacic")
* Maria Krisztina de Habsburg ; 1597 ; prima oară
* Rudolf al II-lea de Habsburg ; 1598
* Maria Krisztina de Habsburg ; 1598 ; a doua oară
* Sigismund Bathory ; 1598 - 1599 ; a treia oară
* Andrei Báthory ; 1599 ; vărul lui Sigismund Bathory
* Mihai Viteazul ; 1599 - 1601 ; prin prima unire a Țării Românești, Transilvaniei și Moldovei
* Gheorghe Basta ; 1601 - 1603; în numele împăratului Rudolf al II-lea
* Moise Székely (Secuiul) ; 1603 - 1604
* Ștefan Bocskay ; 1604 - 1606
* Sigismund Rákóczi ; 1607 - 1608
* Gabriel Báthory ; 1608 - 1613 ; fratele lui Ștefan Báthory
* Gabriel Bethlen ; 1613 - 1629
* Ecaterina de Brandenburg ; 1629 - 1630 ; soția lui Gabril Bethlen
* Ștefan Bethlen ; 1630 ; fiul lui Gabriel Bethlen
* Gheorghe Rákóczi I ; 1630 - 1648 ; fiul lui Sigismund Rákóczi
* Gheorghe Rákóczi al II-lea ; 1648 - 1657 ; fiul lui Rákóczi I
* Francisc Rhédei ; 1657 - 1658 ;
* Achatius Barcsai ; 1658 - 1660
* Gheorghe Rakoczi al II-lea ; 1659 - 1660 ; a doua oară
* Ioan Kemény ; 1661 - 1662
* Mihai Apafi I ; 1662 - 1690
* Imre Thököly ; 1690 - 1691
* Mihai Apafi al II-lea ; 1690 - 1696 ; fiul lui Mihai Apafi I
* Leopold I ; 1691 - 1705
* Francisc Rákóczi al II-lea ; 1704 - 1711. La 7 iulie 1704 Dieta Transilvaniei întrunită la Alba Iulia l-a proclamat pe Francisc Rákóczi al II-lea ca principe al Transilvaniei. Revolta antihabsburgică condusă de acesta a eșuat, autoritatea Casei de Habsburg în Transilvania și Ungaria fiind restabilită efectiv în anul 1711 prin Pacea de la Satu Mare.
* Carol al VI-lea, Împărat Roman ; 1711 - 1740 ; fiul lui Leopold I
* Maria Tereza ; 1740 - 1765 ; fiica lui Carol VI