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| - Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de mostrar DNA, RNA, o estructuras primarias proteicas para resaltar las zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados. Las secuencias alineadas se escriben con las letras (representando aminoácidos o nucleótidos) en columnas en las que se insertan espacios para que las zonas con idéntica o similar estructura se alineen. Image:Zinc-finger-seq-alignment2.png Si dos secuencias en un alineamiento comparten un ancestro común, las no coincidencias pueden interpretarse como puntos de mutación, y los huecos como indels (mutaciones de inserción o deleción) introducidas en uno o ambos linajes en el tiempo que pasa desde que divergieron. En el alinamiento de secuencias proteicas, el grado de simitiud entre los aminoácidos que ocupan una posición concreta en la secuencia puede interpretarse como una medida aproximada de conservación en una región particular o motivos de secuencia entre linajes. La ausencia de sustituciones, o la presencia de sustituciones muy conservadas (la sustitución de aminoácidos cuya cadena lateral tiene propiedades químicas similares) en una secuencia de una región concreta indica que la zona tiene importancia estructural o funcional. Aunque las bases de lo nucleótidos del DNA y RNA son más similares entre sí que con los aminoácidos, la conservación del emparejado de bases podría indicar papeles funcionales o estructurales similares. El alineamiento de secuencias puede utilizarse con secuencias no biológicas, como en la identificación de similitudes en series de letras y palabras del lenguaje humano. Secuencias muy cortas o muy similares pueden alinearse manualmente. Aún así, los problemas más interesantes necesitan alinear secuencias largas, muy variables y extremadamente numerosas que no pueden ser alineadas por humanos. El conocimiento humano se aplica principalmente en la construcción de algoritmos que produzcan alineamientos de alta calidad, y excepcionalmente ajustando el resultado final para representar patrones que son difíciles de introducir en algoritmos (especialmente en el caso de secuencias de nucleótidos). Las aproximaciones computacionales al alineamiento de secuencias se diviven en dos categorías: alineamiento global y alineamiento local. Calcular un alineamiento global es una forma de optimización global que obliga al alineamiento a ocupar la longitud total de todas las secuencias introducidas. Comparativamente, los alineamientos locales identifican regiones de similaridad dentro de largas secuencas que normalmente son muy divergentes entre sí. A menudo se prefieren los alineamientos locales, pero pueden ser más difíciles de calcular porque se añade el desafío de identificar las regiones se similaridad. Se aplican gran variedad de algoritmos computacionales al problema de alineamiento de secuencias, como métodos lentos y optimizadores de programación dinámica y métodos eficientes de heurística o probabilística diseñados para búsqueda a gran escala en bases de datos.
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