La Guarida del Metroid Prime (Metroid Prime Lair en las versiones inglesas) es la habitación más profunda del Cráter del Impacto, y la última del juego. Aparece en Metroid Prime.
Metroid que tiene la capacidad de separarse por fisión. El Metroid Fisión es un mutante que puede dividirse en dos. Esta división crea dos nuevas criaturas con invulnerabilidad a la mayoría de las armas. Este efecto es inestable, lo que puede provocar la debilidad a un tipo de arma. Esta debilidad parece ser aleatoria debido a la naturaleza caótica de la mutación por Phazon.
Parásito predador compuesto de energía. Como la especie dominante del planeta SR388, los Metroides, el Metroide Talloniano absorbe la fuerza vital de los seres vivos. Se adhiere a su presa y le extrae la energía, aumentando de volumen. La única forma de deshacerse de un Metroid Talloniano adherido es usar la Morfosfera y usar una Bomba.
La esencia del Metroid Prime.
''El escáner indica que la energía de Phazon de la que se compone el Metroid Prime lo hace invulnerable a todas las armas convencionales, aunque los disparos de un cañón de Phazon podrían dañarle. Genera charcos de Phazon cuando ataca; úsalos como combustible para el sistema de armamento Phazon que tiene el traje. Esta entidad también puede generar Metroides para que lo ayuden en la batalla, volviéndose invisible al hacerlo.
La Guarida del Metroid Prime (Metroid Prime Lair en las versiones inglesas) es la habitación más profunda del Cráter del Impacto, y la última del juego. Aparece en Metroid Prime.