Вирус Чакры (チャクラウイルス, chakura uirusu) — очень опасный и редкий вирус, который влияет на способность человека к формованию чакры, превращая свою собственную чакру в лихорадку. По этой причине, шиноби очень боятся этого. Деревня, которую Наруто посетил после Разрушения Конохи была заражена этим вирусом, поэтому Наруто считался заражённым тоже. Позже, было обнаружено, что это не так.