深港學生跨境上學問題，自1990年代中期開始出現。这个问题，牽涉到香港和深圳兩地的教育配套。早期，一些香港學童在深圳定居亦能在當地就讀，以減少舟車勞頓。另外一些香港學童，则选择每日從深港的各個口岸到香港上課，然後傍晚再回到深圳的居所。 由于教育资源日趋紧张，深圳當局於2005年開始对香港学童就讀公办中小学设置了苛刻的条件。据报道：于2007年9月，每日共计有6200余名学童从深圳过关到香港上学；有关人士预计，2008年跨境学童人数将达1万人，2009年可能为2万名。 隨着移居深圳的適齡香港學童增加，學生跨境上學的問題已引起香港社會的關注。為加深社會人士對跨境學童及家庭需要的理解，基督教勵行會與香港教育學院、北區小學校長會、北區中學校長會進行了一個名為「關注跨境學童及家庭需要研討會」的活動，透過追訪這些學生的生活，讓社會更瞭解他們的需要。这个活動，得到了傳媒的關注。中國中央電視台亦製作有特輯，報導這些學生的生活實況。 從2006年開始，由於深圳房地產市場不斷升溫，香港與深圳的物業價格相差無幾，加上金融海嘯的衝擊，使不少本來在深圳設廠的香港企業倒閉，令不少本來在深圳定居的香港人選擇回流香港定居。這現象暫時舒緩了粵港跨境通道的緊張，亦令香港北區的物業租賃市場輕微復興。 隨著雙非學童數量的逐漸增長，不少居住在深圳的雙非兒童選擇在香港上學。這也造成了跨境學童的總量增長