Aunque los rangos ninjas varían de pueblo en pueblo, la estructura general de organización y jerarquía de los sistemas de ninja de cada aldea es prácticamente el mismo. En la parte superior de la organización es el jefe de aldea, o el Kage en el caso de las Cinco Grandes Naciones Shinobi. Ellos gobiernan el pueblo y a sus shinobi, junto con un consejo, por lo general consta de ninjas altamente clasificado y los ancianos.