De Beker van Libertas 2016 was de 77e editie van de Beker, een voetbaltoernooi voor Libertaanse clubs aangesloten bij de Koninklijke Libertaanse Voetbalbond. Titelverdediger is FC Skeend, maar zij werden in de kwartfinale naar huis gestuurd. De finale werd gespeeld tussen FC Warmhoven en FC Contra United. Deze laatste won na drie jaar voor de derde keer in de clubgeschiedenis de Beker van Libertas.