thumb|left|Orochimaru de niño. Tras su pronta graduación de la Academia, Orochimaru siendo un Genin fue asignado como compañero de equipo de Jiraiya y Tsunade, a cargo de la tutela de Hiruzen Sarutobi. Sus padres murieron cuando él era muy joven, mientras que el Tercer Hokage reconoció rápidamente el talento natural de Orochimaru, diciéndole a menudo a Jiraiya que este debería ser más como él. A pesar de este don, el Tercer Hokage estaba al tanto de una maldad dentro del mismo, pero eligió fingir no notarlo porque esperaba que esta podría calmarse o eliminarse algún día. Mientras pasaban los años, éste formó una gran amistad con Jiraiya, aunque no carente de rivalidad.