Em Pallet Town, Taylor e Trent, garotos de 10 anos prestes a completarem 11, recebem seus Pokémon Iniciais do famoso professor Carvalho. Depois disso (e de uma batalha contra as gêmeas Mandy & Mindy), eles se mudam para New Bark Town, Johto (mais tarde é revelado que eles se mudaram para lá para que o Antigo Esquadrão se reunisse novamente). Lá, eles conhecem Hilary e Spyrus, que também são treinadores Pokémon. Tudo seria uma bela história se não fosse a aparição de Mask of Ice, o chefe supremo da Team Rocket, um grande império do crime. A partir daí, os quatro saem em jornada para conseguir as Oito Insígnias Místicas de Johto.