Nagato cuenta su pasado, como sufrió la pérdida de sus padres, por una guerra que Konoha inició; como conoció a Konan y Yahiko. Los niños en su camino perdido, son casualmente atacados por una explosión causada por la lucha entre Hanzō y los tres Sannin. El sueño de Yahiko es conquistar el mundo para traer la paz y desea convertirse en un estudiante de uno de los tres Sannin que se enfrentó en combate contra Hanzo, el jefe de la aldea. Nagato empieza a realizar los ideales de su compañero.