Los Doce Guardianes Ninja (守护忍十二士, Shugonin Junishi) es el primer arco de relleno y el tercero en general de la Segunda Parte de la Serie, que abarca desde el Episodio 54 hasta el Episodio 71. Trata de una expansión en cuando a la historia de los Doce Guardianes Ninja y el entrenamiento de Naruto con el Elemento Viento, además de la introducción de Sora. Esta precedida por el arco de la Misión Reconocimiento del Puente de Cielo y Tierra y es sucedida por la Misión Subyugación de Akatsuki.