thumb|right|Wejście do naturalnej jaskini Jaskinia (ang. Cave) to struktura generująca się w Minecraft. Nie ma dokładnego składu co w niej występuje. Występują zazwyczaj w kamiennym podłożu mapy. Wiele z nich posiada zawiłą sieć tuneli, które prowadzą do innych jaskiń lub na powierzchnie, tworząc naturalne wejście. Jeskinie często sięgają od powierzchni aż do skały macierzystej, przez które nie można się przedostać. W fazie Infdev i Alpha ilość jaskiń zależy od terytorium, gdzie się znajdują, co oznacza że niektóre fragmenty mapy będą posiadały większą ilość jaskiń niż inne. W jaskiniach często spotkać można potwory, które w przeciwieństwie do swoich odpowiedników z powierzchni nie znikają wraz z nastaniem dnia.