La Segunda Guerra Mundial Shinobi (第二次忍界大戦, Dainiji Ninkai Taisen) fue la segunda de las cuatro grandes guerras donde participaron la mayoría de las aldeas y países ninja. No se sabe mucho acerca de la política de esta época, pero no se conocen los conflictos entre Konoha, dirigido por el Tercer Hokage, Sunagakure, dirigida por el Tercer Kazekage, Amegakure, dirigida por Hanzö "La Salamandra" y Iwagakure, liderada por Önoki. La mayoría de los combates parecen haber tenido lugar en los países menores, como Amegakure, dejándolos devastados. El resultado final de la guerra parece haber sido en favor de Konoha. Nagato se refiere a ella como una guerra que Konoha comenzó.