Tobi ha caído en el jutsu de Konan y empieza a ser rodeado por los miles de Sellos Explosivos pero en medio de las explosiones el Akatsuki utiliza Izanagi para salvarse de morir sacrificando su propio ojo izquierdo. Gracias a ese jutsu el Uchiha tuvo la oportunidad de atravesar a su oponente con su espada. Cuando el ninja empuja a la mujer para que presenciara su fin, ella con sus últimos fuerzas crea un círculo de papel el cual fue detenido por Tobi donde éste la estranguló hasta que le dijo donde estaba el Rinnegan dejándola moribunda en el agua. Más tarde, se puede ver al líder de Akatsuki en el templo donde estaban almacenados los cuerpo de Yahiko y Nagato, en ese momento Tobi revela que Nagato es del Clan Uzumaki y lo llama como el "Tercero de los Seis Caminos".