Von 1648 bis 1655 hatte Flacourt für die Französischen Ostindienkompanie das Amt des Gouverneurs von Madagaskar inne. Hier stellte er zuerst die Ordnung unter den französischen Soldaten wieder her, die gemeutert hatten. Seine Verhandlungen mit den Einwohnern von Madagaskar war er aber weniger erfolgreich. Ihre Intrigen und Angriffe beschäftigten ihn während seiner gesamten Amtszeit. 1655 kehrte Flacourt zurück nach Frankreich. Kurz darauf wurde er zum General der Ostindischen Kompanie ernannt und kehrte nach Madagaskar zurück. Während der Heimfahrt von dort ertrank Flacourt auf der Höhe von Lissabon am 10. Juni 1660.