Nagato despierta cerca de los ninjas de Konoha muertos, luego ve a sus padres muertos, y comenta que ese fue su primer gran dolor, Nagato se dio cuenta de que él había matado a los ninjas de Konoha. Después de sepultar a sus padres, parte de casa con algo de comida y casi muere si no se hubiera encontrado con un perro al que llamó Chibi, cuando Nagato está a punto de morir de hambre aparece Konan con un pan y luego los lleva a él y Chibi a un refugio. Ahí es donde aparece Yahiko preguntándoles quiénes son. Konan, Nagato y Yahiko se volvieron amigos y trataban de sobrevivir robando comida, Yahiko nunca perdió la esperanza, su sueño era gobernar el mundo, para acabar con las guerras, que podría hacer lo que sea, Nagato dijo que eso era ser como un dios. De repente cayó un kunai con un sello