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Essa argumentação de Behe, bem como de todo o design inteligente, é baseada apenas na incredulidade pessoal, também chamado apelo à ignorância. Ao invés de provar a existência do designer, como a ciência normal tentaria fazer, eles tentam achar falhas na teoria da evolução, como se ao invalidar um, automaticamente valida o outro.
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Essa argumentação de Behe, bem como de todo o design inteligente, é baseada apenas na incredulidade pessoal, também chamado apelo à ignorância. Ao invés de provar a existência do designer, como a ciência normal tentaria fazer, eles tentam achar falhas na teoria da evolução, como se ao invalidar um, automaticamente valida o outro. De fato muitas das proteínas do flagelo bacteriano são similares entre si ou similares a proteínas com outras funções. Sua origem pode ser facilmente explicada como uma série de duplicações genéticas seguidas por modificação e/ou co-interação, procedendo gradualmente entre sistemas intermediários desde um flagelo simples até o flagelo final.